Caso você esteja utilizando o sistema operacional Linux você poder utilizar o comando iconv para resolver tal problema através do terminal.
Sintaxe:
iconv --from-code = encoding-origem --to-code = encoding-destino arquivo-origem > arquivo-destino
encoding-destino = Encoding do arquivo destino.
arquivo-origem = Arquivo original que tem como seu encoding o encoding-origem.
arquivo-destino = Arquivo a ser gerado que tem como seu encoding o encoding-destino.
Exemplo:
iconv --from-code=ISO-8859-1 --to-code=UTF-8 fileIso.txt > fileUtf.txt
Neste exemplo o arquivo origem (fileIso.txt) tem como tem como encoding ISO-8859-1 , já o arquivo destino(fileUtf.txt) terá como encoding UTF-8.